Etimológiai kutatások
Az 1990-es évek közepétől tovább tágult Berta Árpád kutatási területe. A török hangtörténet és alaktantörténet mellett a török etimológiai kutatások is figyelmének előterébe kerültek. Ez kapcsolódott ahhoz a munkához, amelyet mesterével, Róna-Tas Andrással közösen kezdtek el a magyar nyelv régi török jövevényszavairól, amely az írásos emlékekkel nem rendelkező nyugati ótörök nyelv legfontosabb forrása. Sorra jelentek meg török szófejtései a turkológia és a magyar nyelvtudomány neves folyóirataiban, emlékkönyvekben, gyűjteményes kötetekben. Életének utolsó napjaiig dolgozott a magyar nyelv török jövevényszavain. A készülő kötet előzetes bemutatása még 2002-ben megjelent az Acta Orientalia hasábjain (Old Turkic Loanwords in Hungarian. Acta Orientalia A. S. H. 55 (2002)/1-3, 43-67.), 2003-ban pedig egy német nyelvű dolgozatában összefoglalta a magyar nyelv török jövevényszavainak kutatástörténetét, ismereteink mai állását (Zu den alttürkischen Lehnwörtern der ungarischen Sprache. Incontri Linguistici 26 (2003), 161-190.). A vállalkozás körüli szakmai érdeklődést jól érzékelteti a téma kapcsán 2002. november 16-án a szegedi Altajisztikai Tanszéken megrendezett kerekasztal megbeszélés, amelyen a tanszék munkatársain és doktoranduszain kívül jelen volt Lars Johanson (Mainz), Csató Éva (Uppsala), Jens Peter Laut, Peter Zieme, Claus Schönig (Berlin), Marek Stachowski (Krakkó), Zimonyi István (Szeged) és Kovács Előd (Budapest). Az etimológiai szótár a Nemzeti Kutatási Fejlesztési Program keretében A magyar őstörténet nyelvi és írott forrásai című projekt részeként és annak támogatásával készült. Tíz évnyi munka után, küzdve egyre jobban elhatalmasodó betegségével, elkészült a feldolgozandó mintegy 500 címszó ráeső felével. Az utolsó munkadarabok kéziratait halálos ágyáról küldte el szerzőtársának. A nagy mű 2011-ben jelent meg két vaskos kötetben Németországban (West Old Turkic. Turkic Loanwords in Hungarian. [Turcologica 84] Wiesbaden : Harrassowitz Verlag 2011.). Ugyancsak halála után, 2010-ben jelent meg ugyanezen sorozatban az a gyűjteményes kötet, amely Berta Árpád török etimológiai kutatásainak eredményeiből adott válogatást (Studies in Turkic Etymology. Edited by Lars Johanson and András Róna-Tas. [Turcologica 85] Wiesbaden : Harrassowitz Verlag 2010.).
Számos munka megírását tervezte még – így pl. a kelet-európai rovásírások emlékeinek kritikai feldolgozása, a török-mongol nyelvviszony egyes kérdéseinek behatóbb vizsgálata vagy az ótörök igerendszer új szemléletű leírása. E szép feladatok megvalósítására azonban már nem maradt ideje.