Mongolisztika
Ma a nemzetközi tudomány Ligetit elsősorban mongolistaként ismeri és tiszteli, amely területen ugyancsak maradandót alkotott. Külön kell szólni a 13. században íródott, de kínai átírásban fennmaradt Mongolok titkos története c. műről, amely a mongol történelem legjelentősebb forrása, egyszersmind páratlan irodalmi és nyelvi emlék. A szövegnek könyvtárnyi irodalma van, de Ligeti nyelvészeti átírása (A Mongolok Titkos Története. Közzéteszi Ligeti Lajos. [Mongol Nyelvemléktár III.] Budapest : ELTE Belső-ázsiai Intézet 1964) ma is a nemzetközi tudomány megkerülhetetlen kincse. Ligeti a mű magyar fordítását is elkészítette (A Mongolok Titkos Története. Mongolból fordította Ligeti Lajos. A verseket fordította Képes Géza. Budapest : Gondolat 1962), s ezzel a magyar olvasók számára is hozzáférhetővé tette az emberiség kultúrtörténetének ezt a kivételes alkotását.
Másik nagy horderejű munkája a középmongol nyelvemlékek új, egységes szempontú és gyakorlatilag teljesnek mondható kiadása volt. Ennek két sorozata van: az első (Mongol Nyelvemléktár) egy előzetes, a második (Monumenta Linguae Mongolicae Collecta) a végleges. Az egyes szövegkiadásokhoz elkészítette, illetve elkészíttette a nyelvemlék teljes lexikai mutatóját is. Ligeti ezeket a köteteket egy a középmongol nyelvről szóló összefoglaló mű előmunkálatainak szánta, amelynek azonban csak részletei láttak napvilágot.
Ligeti a mongol szövegkritikát is a mongol nyelvtörténeti kutatások szolgálatába állította. A nyelvemlékeken kívül – amelyek elsőrendű idősort biztosítanak a nyelvi változások vizsgálatához – bevont más forrásokat is, így a mongol idegen nyelvű átírásait, valamint a mongolból más nyelvekbe, illetve más nyelvekből a mongolba került jövevényszavakat. Az altaji nyelvek rokonsága kérdésének szempontjából is fontos az 1960-ban franciául (Les anciens éléments mongols dans le mandchou. Acta Orientalia Academiae Scientiarum Hungarica X (1960)/3, 231–248), majd egy évvel később magyarul is megjelent, a mandzsu nyelv mongol elemeiről szóló munkája (A mandzsu nyelv régi mongol elemei. MTA Nyelv- és Irodalomtudományi Osztályának Közleményei XVII (1961), 31–46). Ugyancsak lényegesek a dzsürcsi nyelv kutatásáról született eredményei is. Az 1114-től (tehát a magyar Könyves Kálmán király uralkodásának végétől) a mongol korig Kinában dinasztiát alapító dzsürcsik nyelve a mandzsuhoz állt a legközelebb. A nyelv emlékeit saját, nagyrészt megfejtetlen, dzsürcsi írással írt szövegek, szójegyzékek és kínai átírásos anyag őrizte meg. Ligeti kutatásai alapvetően azt vizsgálták, hogy hogyan tükröződik ebben a Dzsingisz előtti mongol nyelv (Note préliminaire sur le déchiffrement des »petits-caractères« joutchen. Acta Orientalia Academiae Scientiarum Hungarica III (1953)/3, 211–228; Les inscriptions djurtchen de Tyr. La formule oṃ maṇi padme hūm. Acta Orientalia Academiae Scientiarum Hungarica XII (1961)/1–3, 5–26). Értékes kutatási eredményeket közölt a kitaj (A kitaj nép és nyelv. Magyar Nyelv XXIII (1927), 293–310) és a tabgacs (Le tabghatch, un dialecte de la langue sien-pi. In: Mongolian Studies. Ed. by L. Ligeti. Budapest : Akadémiai Kiadó 1970, 265–308) nyelvről is. Utóbbi a jelenleg ismert legrégebbi mongol nyelv, amely szintén úgy maradt fenn, hogy ez a nép 386–535 között dinasztiát alapított Wei néven Észak-Kínában, ahogyan a kitajok is – a Liao dinasztia a magyar honfoglalással nagyjából egy időben emelkedett fel, hatalmukat a fent említett dzsürcsik döntötték meg.
A szaktudomány Ligeti Lajost tartja a modern mongol irodalomtörténet megalapítójának is. Ide vágó dolgozatai – mint pl. a Geszer eposzhoz írott kommentárjai (Un épisode d’origine chinoise du „Geser-qan”. Acta Orientalia Academiae Scientiarum Hungarica I (1950–1951)/2–3, 339–357) – mellett a mongol szent iratok gyűjteményének, a Kandzsurnak a katalógusát (Catalogue du Kanjur mongol imprimé. Vol. I. Budapest 1942–1944.) kell kiemelni.
A magyar nyelvtudomány szempontjából leginkább 1935-ben írt Mongolos jövevényszavaink kérdése (Nyelvtudományi Közlemények XLIX (1935), 190–271) című nagyobb munkáját kell kiemelni, amelyben bebizonyította, hogy a magyar nyelvben nincsenek közvetlenül a mongolból a honfoglalás előtt vagy körül átvett jövevényszavak. Ez a magyarság honfoglalás előtti őshazáinak, a Kárpát-medencében a 6–9. században élő belső-ázsiai eredetű avarok és a magyarság érintkezése, illetve az avarok máig vitatott hovatartozású nyelvének a szempontjából bír jelentőséggel.