Emigráció: "Rákosi volt az ok."
„Értesülésem volt: Rákosi azt fontolgatta, hogy engem szögesdrót mögé kell dugni. Vagyis Rákosi volt az ok. Eleinte jó viszonyban voltunk, bár barátságban nem, de nekem Rákosi mindent megtett. Amíg aztán nagyon elhidegedett a viszony és eljutott hozzám ez az értesülés." - így nyilatkozott Szent-Györgyi Albert a Népszabadság újságírójának emigrációja okáról 1984-ben.
De miért kellett elhagynia a Nobel-díjas tudósnak szinte egyik-napról a másikra hazáját? Szent-Györgyi kutatásait egy gazdag üzletember is támogatta, Ráth István, hódmezővásárhelyi születésű fogorvos, akivel egy közös céget is alapítottak Servita Gyógyszergyár és Vegyipari Rt. néven. A vállalat vezérigazgatója Ráth István volt, tudományos igazgatója Szent-Györgyi Albert lett. A Magyarországon forgalomba kerülő, törzskönyvezett 42 penicillinkészítmény közül 12-t a Servita Gyógyszergyár és Vegyipari RT forgalmazott. A legelső penicillinkészítményt is, ami a Hayden névre hallgatott, ez a cég hozta be az országba, 1946. szept. 28-i törzskönyvezéssel. (Ennél hamarabb nem volt penicillin Magyarországon.) Megállapíthatjuk, hogy a penicillin antibiotikum behozatala is Szent-Györgyi Albert nevéhez köthető.
A szovjetek által respektált és hazai körökben is nagyon népszerű tudós útjában állt a kommunista hatalomnak. Fogást próbáltak keresni rajta, és a "tőkés barát" léte szinte kínálta erre a lehetőséget. Előtte még a kutatásai finanszírozását állították le, majd a közös gyógyszercég, a Servita Rt. került célkeresztbe. Sajtópropagandát indítottak ellene, melynek lényege az volt, hogy a cég nyerészkedik a penicillin behozatalával (több milliós nyereséget emlegettek) és nem juttat az arra rászorulóknak belőle. Szent-Györgyi és Ráth azonnal tiltakozó levelet írtak Bán Antal iparügyi miniszternek és Molnár Erik népjóléti miniszternek, amiben cáfolták a vádakat és helyreigazítást kértek, de hiába. Szent-Györgyi eközben a parlamentben is folytonosan szót emelt a túlzott katonai kiadások miatt, sőt 1947. február 6-án olyan hévvel támadta meg az új költségvetést, amelyben a hadi kiadások volt a legnagyobb tétel, hogy a parlament aznap nem is szavazta meg a költségvetési tervezetet. Valószínűleg ez volt az utolsó csepp a pohárban ahhoz, hogy megszabaduljanak tőle. De Szent-Györgyinek voltak bizalmasai kormánykörökben akik figyelmeztették a veszélyre. Értesült arról, hogy barátját támadni fogják és neki azonnal el kell hagynia az országot, különben őt is letartóztatják. Ezért váratlanul Svájcba utazott "pihenni", miközben feleségével megállapodott egy jelszóban, amit felesége megtáviratoz, ha Ráthhal történik valami.
És valóban Ráth Istvánt elrabolták és félholtra verték az Andrássy út 60-ban azért, hogy vallja be, az angoloknak kémkedik. Minderről Szent-Györgyi - a felesége révén - tudomást is szerzett és a Szovjet Tudományos Akadémiával való kapcsolatát használta fel arra, hogy barátját kiszabadítsa. A Szovjet Tudományos Akadémián keresztül táviratozott Molotovnak. Kilátásba helyezte, hogy ha nem engedik ki az országból Ráthot, akkor nemzetközi sajtókonferenciát fog tartani, amin elmondja, hogy mi történik Magyarországon. Rákosiék tehát szovjet nyomásra szabadon engedték Ráthot és útlevelet is adtak neki, amivel Szent-Györgyi feleségével együtt gépkocsin elhagyhatta az országot. Szent-Györgyi Svájcban látta meg Ráth kinzások okozta sebeit és Bay Zoltán szerint azt mondta, hogy „ezek közé az »elvetemült csirkefogók« közé ő nem megy haza és addig nem teszi be a lábát Magyarországra, ameddig ez a bűnös rendszer uralmon van."
Ekkor már Nagy Ferencet, a törvényes kisgazdapárti miniszterelnököt a kommunisták zsarolással lemondatták, miközben azt kommunikálták róla, hogy önként mondott le, mert megkárosította a dolgozó népet. A hozzá köthető "köztársaság-ellenes összeesküvés" néven futó koncepciós perbe szándékozták Rákosiék Szent-Györgyit is bevonni úgy, hogy a sajtóban közzétették, hogy tőkés barátja, Ráth István üzleti kapcsolatban állt Nagy Ferenccel. Szent-Györgyit erről a tervről valószínűleg Gerő Ernő, aki Szent-Györgyi vejének a minisztériumi főnöke volt, értesíthette.
Így kényszerült elhagyni hazáját egyetlen Nobel-díjas tudósa, aki 1947. augusztus 2-án érkezett feleségével és barátjával az Amerikai Egyesült Államokba, ahol még 39 évig sikeresen dolgozott.
Az alapkutatás és alkalmazott kutatás viszonyáról beszél Szent-Györgyi Albert angolul az alábbi videón.