"A tudás az érték, nem pedig a hatalom és a faj." - Rektori tevékenység
Szent-Györgyi már komoly vezetői tapasztalatokkal rendelkezett, mikor megválasztották az új Horthy Miklós Tudományegyetem rektorának. (Az 1934/35-ös tanévben a szegedi egyetemen orvoskari dékán, majd az 1935/36-os tanévben prodékán volt.)
A második bécsi döntés eredményeként Magyarország visszakapta Észak-Erdélyt és vele a kolozsvári egyetemet is, így a Szegeden menedéket talált Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem visszaköltözhetett eredeti székhelyére, Kolozsvárra. Ez a gyakorlatban a Ferenc József Tudományegyetem újjászervezését és Szegeden egy nevében új egyetem felállítását jelentette. Az egyetemi tanárok maguk dönhettek arról, hogy melyik egyetemen folytatják a munkájukat. Szent-Györgyi úgy nyilatkozott, hogy "ő Szegedhez van nőve". A Horthy Miklósról elnevezett új egyetem rektorának is egységesen (ellenszavazat nélkül) őt választották meg. Az 1940. november 11-i tanévnyitóról, mint "országraszóló ünnepségről" a korabeli híradó is tudósított.
Szent-Györgyi célja volt úgy munkálkodni, hogy a diákságnak hajléka, igazi otthona legyen az egyetem. (Egy egyetemi klub létrehozására 5000 pengő városi polgári felajánlás történt.) Az egyetem hivatásának pedig ‒ mint már oly sokszor tette ‒ a teljes szellemi szabadság megőrzését jelölte ki. A novemberi megnyitó ünnepséget láthatjuk az alábbi filmhírdóban.
Az új egyetem új egyetemi diákszervezetet hozhatott létre. Ennek jogi előkészítésében Polner ödön jogászprofesszor volt Szent-Györgyi segítségére. Az egyetem tanulmányi, fegyelmi és leckekönyv szabályzatával összhangban működő új diákszervezet tagsága csak egyetemistákból állhatott és egyetemi hallgatók nem lehettek tagjai más egyesületeknek csak az Egyetemi Tanács jóváhagyásával. Szent-Györgyi ezzel a szélsőjobboldali gondolkodású szervezeteket akarta távol tartani az egyetemistáktól. Ilyenek voltak az ún. bajtársi egyesületek, melynek legnagyobbika a Turul bajtársi egyesület volt.
Szent-Györgyi a Kolozsvárra áttelepült jogtudományi kar üresen hagyott helyiségeiben helyet is biztosított a SZEI néven beindult új diákegyesületnek, illetve szervezeteinek (diákklubnak, Színjátszó Társulatnak, kórusnak). A SZEI nem volt kirekesztő a zsidó hallgatókkal szemben, alapelve az volt, hogy mindnyájan magyarok vagyunk. Szent-Györgyi az egyetem egyik fontos feladatának tekintette az önállóan gondolkodni és véleményt alkotni képes fiatalok kinevelését. Szándékuk a napi politika kizárása volt az egyetemi életből, céljuk pedig az, hogy "a diákság önmaga is beleszólhasson önmaga ügyeinek az intézésébe". Nézzük meg, kik lehettek a SZEI tagjai! Az alapszabálytervezet szerint:
„Rendes tagjai lehetnek a Szervezetnek mindazok a m.kir. Horthy Miklós Tudományegyetem karaira beiratkozott rendes hallgatók, akiknek személye sem nemzeti, sem keresztény szempontból kifogás alá nem esik.” (II. rész 7.§-ának 2-ik bekezdés)
Egyik céljuk:
„Az egyetemi ifjúság egységes érdekképviseleti szervhez való juttatása” (I.rész 4.§ 3-ik bekezdés)
Híre ment az országban, hogy a SZEI zsidó hallgatókat is felvesz a tagjai közé, ezért nagyon sokat támadták a szervezetet és Szent-Györgyit. Legnagyobb ellenfelük a nyilaskeresztes párt és annak tagsága volt. Ezzel egy időben a kultuszminiszter is kézbe vette az egyetemi ifjúság szervezésének ügyét. A parlamentben elfogadtak egy törvényt, ami a kultuszminiszternek ún. főfelügyeleti jogot biztosított a diákegyesületek felett. Ez magában foglalta minden egyesület alapszabályainak felülvizsgálatát, ami megtörtént a SZEI-nél is, eredménye az alapszabálytervezet megváltoztatása lett.
Két dologban kérte a minisztérium a változtatást:
„Rendes tagjai lehetnek a Szervezetnek mindazok a m.kir. Horthy Miklós Tudományegyetem karaira beiratkozott keresztény származású rendes hallgatók akiknek személye sem nemzeti, sem keresztény szempontból kifogás alá nem esik.”
I.rész 4.§ 3-ik bekezdésének elhagyása "könnyen félreérthető" volta miatt. (érdekképviselet)
A következő tanévben elvették az egyesület helyiségeit és a tagság hozzásímult a hivatalos elvárásokhoz, erősen antiszemista, fasiszta gondolkodású lett (Numerus nullus Iudeorum).
Egy résztvevő visszaemlékezése így szól:
„Szent-Györgyi példája és kezdeményezése nélkül az egyetemi-főiskolai ifjúság jóval nagyobb hányadát lehetett volna jobbra vinni, fasizálni a német és nyilas háborús törekvések áldozatává tenni.” - Kristó Nagy István
Hóman Bálint, a számára törvény által biztosított ún. főfelügyeleti jogot miniszteri biztos útján gyakorolta. A mellékelt dokumentum Stachó Tibor műegyetemi nyilvános rendes tanár miniszteri biztossá történő kinevezését mutatja.