Az isztambuli küldetés
1943 tavaszán a németek sztálingrádi és afrikai veresége után kialakult az az általános reménybeli várakozás, hogy Sztálingrádot hamarosan a nyugati hatalmak balkáni partraszállása fogja követni. Ez felerősítette a németbarát kisállamok béketapogatódzásait a szövetségesek irányába, a kormány, az ellenzék és az ellenállás köreiben egyaránt. A csatlós államok képviseletében több küldött, követ is kereste a kapcsolatokat a szövetségesekkel leginkább a semleges államok területén levő konzulátusok útján. Így lett a békatapogatódzások közkedvelt színtere Svájc, valamint Svédország (Stockholm), Portugália (Liszabon) és Törökország (Isztambul, Ankara).
A tötökországi kapcsolatszerzés ötlete Szent-Györgyitől eredt, ugyanis 1942. decemberében meghívást kapott egy előadás tartására 1943 február 12-én Isztambulba. Ez a tudományos előadás mintegy fedőeseménye lett a szövetségesekkel való kapcsolatfelvételnek. Szent-Györgyi útját két minisztériumi tisztviselő készítette elő: Alpáry Imre és Fráter Iván. (Ők lettek a SZESZ alapítói is.) Fráter Iván szerzett polgári útlevelet és tudományos céllal utazó részére kiállított vízumokat.
Szent-Györgyi már korábban szociáldemokrata körökben értesülhetett az ún. Davidson levelek tartalmáról. Ezek a szövetséges titkosszolgálatok segítségével magyar demokratikus körökben elterjeszett levelek arról szóltak, hogy ők milyen partnerekkel működnének együtt szívesen: nem a jelenlegi rendszer embereivel, hanem az ellenzék demokratikusan goldolkodó képviselőivel. De Szent-Györgyi Andorka Rudolf javaslatára felvette a kapcsolatot Kállay Miklós miniszterelnökkel is. Azt állította, hogy L.A. Steinhardttal, az USA törökországi nagykövetével már korábbról szoros tudományos kapcsolatban, barátságban van és el is szándékozik utazni hozzá Ankarába. Kállay megragadta az alkalmat és szóbeli üzenetet küldött Szent-Györgyin keresztül Steinhardt nagykövetnek.
Szent-Györgyinek az angolokkal sikerült tárgyalnia. Kifejtette, hogy Magyarországon külső segítség nélkül nem lehet megvalósítani a társadalmi reformokat. Csak külső segítséggel lehetne megszabadulni a jelenlegi kormánytól, amit a hadsereg, a papok és a feudális rendszer irányít. Ezért üdvözölné a szövetséges megszállást.
Az angolok úgy nyilatkoztak, hogy nem bíznak Kállay Miklós miniszterelnökben, ezért Szent-Györgyit kérik fel a kapcsolattartásra, ennek érdekében egy rádiókészüléket is eljuttatnak neki (megtanították a kódokra is).
A Steinhardt amerikai követnek szóló miniszterelnöki üzenetet maga foglalta írásba és egy memorandum formájában adta át a Socony Vacuum Oil Company isztambuli képviselőjének. Ebben is kitért arra, hogy embereivel a németek elleni szabotázsakció végrehajtására is hajlandó. Feltételezhetően ez az üzenet jutott német kézre és ez okozta a tudós lebukását.
Bár egyes visszaemlékezések szerint Szent-Györgyit kezdetektől figyelték a németek, mivel Jagow budapesti német nagykövet már a tudós visszérkezése előtt átadott egy tiltakozó jegyzéket, amiben hitszegéssel vádolták meg a magyar kormányt.
Miután kitudódott Szent-Györgyi küldetése, Hitler az 1943. április 16–17-i, klessheimi tárgyalásokon igen szigorúan számonkérte Horthyn a szövetségesekkel való kapcsolattartást. Hitler egyértelműen a tudomására adta Horthynak, hogy elégedetlen Kállay politikájával, és követelte a leváltását. Példaként éppen Szent-Györgyi küldetését említette, amihez Kállay is hozzájárult. Szent-Györgyi visszaemlékezése szerint Hitler őt üvöltve Schweinehundnak (disznókutyának) titulálta, és követelte a kiadatását.
Az alábbi videó Horthy egy korábbi látogatását idézi meg.
Szent-Györgyi ellen – bizonyára Hitler nyomására, aki a kiadatását követelte – a magyar hatóságok is szankcióval éltek. Keresztes-Fischer Ferenc belügyminiszter bevonatta az útlevelét, és megfenyegette, hogyha nem tartózkodik a politizálástól, deportálni fogják. Szent-Györgyi ezért kb. fél évig tartózkodott a közszerepléstől. Bár titokban részt vett az 1943 nyarán Balatonszárszón megrendezésre került "Kiútkeresés '43" című konferencián, ahol a háború utáni Magyarország jövőjét latolgatják tudósok, írók, költők.