Kulcspozícióban az orosz megszállás idején
Szent-Györgyit a megszálló orosz csapatok megkülönböztetett bánásmódban részesítették, ezért a magyar kormány is respektálta. A tudós állást kapott a budapesti Pázmány Péter Tudománegyetemen, ahol önálló Biokémiai Tanszéket hozott létre. (Az alábbi videó ezt mutatja be.)
Intézetének anyagi támogatása az újjáépítésre és az élelmezésre volt elegendő, de Szent-Györgyi folyamatosan megkapott minden igényelt anyagi támogatást. Ezzel párhuzamosan együttműködött az Ideiglenes Nemzeti Kormánnyal is, tiszteletbeli országgyűlési képviselő lett, díszelnöke a Magyar-Szovjet Baráti Társaságnak, az Országos Köznevelési Tanácsnak valamint a Nemzeti Segélynek. 1945. áprilisában kéthónapos látogatást tett a Szovjetunióban, ahol a tudományos rendszert tanulmányozta. Hazaérkezve hozzáfogott a Magyar Tudományos Akadémia szervezeti reformjához.
A Magyar Tudományos Akadémia épülete, Budapest
Az MTA 1945-ben három osztályra tagolódott: Nyelv- és Irodalomtudományi, Történettudományi, valamint Matematikai és Természettudományi (egyben). Szent-Györgyi legfőbb célkitűzése az volt, hogy a kor követeményének megfelelően a rohamosan fejlődő természettudományok nagyobb részarányát érje el az intézményben. Tehát, hogy a humántudományokat képviselők száma megegyezzen a természettudósok számával. 1945-ben még 2:1 arányban a humántudományok voltak felülreprezentáltak. Mivel nem tudott megegyezni a konzervatív idős akadémikusokkal, kilépett az MTA-ból. Alapított egy önálló, független, "szakadár" Természettudományi Akadémiát, ami külföldi magyar tagokat is bevett a soraiba. Ennek elnöke Szent-Györgyi Albert, elnökhelyettese pedig Bay Zoltán lett.
Szent-Györgyi Albert cikke a Szabad Nép 1945. dec. 06-i számában
Szent-Györgyi Albert sajtótájékoztatón a budapesti Élettani Intézetben
A heves és kiélezett vitának a Tildy-kormány kultuszminisztere, Keresztury Dezső vetett véget. Szent-Györgyivel végzett közös erőfeszítéseiknek köszönhetően végérvényesen átalakult a Magyar Tudományos Akadémia. A Szent-Györgyi-féle Természettudományi Akadémia valamennyi tagját beválasztották az akadémia III. osztályba. Ezzel egyidejűleg a III. osztály két részre tagozódott. Benne maradtak a matematikai, fizikai és kémiai tudományok, és kiváltak belőle – az új IV. osztályt alkotva – a biológiai és orvosi tudományok. Tehát a négy osztály tudósait egybefogó akadémiának két osztálya a természettudományoké lett, ahogy kettő osztály foglalkozott továbbra is a humántudományokkal (2 humán + 2 természettudományi osztály). Az alapelv pedig az volt, hogy az I. és II. osztály taglétszámának egyenlőnek kell lennie a III. és IV. osztályéval. Az új MTA elnöke Kodály Zoltán lett, Szent-Györgyi a másodelnökséget vállalta el.
(A híradórészlet a Magyar-Szovjet Baráti Társaság rendezvényét mutatja be.)